关于抗议过程中的税务重新评估，为什么税务总局的系统会认为该公司是有税务债务的企业？

对于税务重新评估有异议的情况，纳税人有 30 天的时间向省/区税务分局或税务总局回复税务重新评估。 

逾期未回复的，视为同意重新评估。

如果公司在 30天内提出申诉，公司将被视为正在接受行政抗议程序。因此，纳税人可以联系主管单位在税务总局系统中查询欠税情况。《税法》第 236条规定，行政抗议并不免除纳税人缴纳税款、附加税、利息和税务机关主管单位通知书中规定的税款、罚款或其他决定的其他罚款。